Su lugar estratégico, rodeado por altos cerros, permitió que culturas como la Ibérica, la Romana o la Visigoda tomaran esta zona como lugar ideal para la defensa y control del resto de sus territorios. Testimonio de ello son los numerosos restos arqueológicos hallados en los puntos más altos de la villa, la Plaza de Armas y El Higuerón, y que actualmente se conservan en el Museo Arqueológico Provincial de Córdoba.

Así pues, esculturas ibéricas entre las que destacan tres leones realizados en piedra caliza, junto con monedas y cerámicas romanas, dan fe de la intensa actividad que existió en este lugar. Otro de los hallazgos más importantes de esta etapa es el acueducto que conectaba la Plaza de Armas con Ucubi (Espejo).

De la Edad Media se conservan una estela sepulcral visigoda en caliza blanca, procedente de la necrópolis de las canteras del siglo VI. La Torre del Puerto, así como varias espadas encontradas, reflejan también las luchas que enfrentaron a los bandos árabe y cristiano durante los siglos XIII y XIV.

En la Edad Moderna, el Monte Horquera constituía una extensa zona de pastos y dehesas de encinas, en los que la clase aristócrata disfrutaba de sus múltiples cacerías.

Finalmente, el pueblo de Nueva Carteya se funda en 1.822 por el clérigo baenense D. Diego Carro, bajo el nombre de Aldea de San Juan, y sería más tarde cuando tomaría su actual nombre.